Urodził się 16 grudnia 1925 roku w Leimen koło Heidelbergu. Studiował filozofię, teologię i pedagogikę. W 1946 r. wstąpił do katolickiego zakonu misyjnego, w którym spędził 25 lat, z czego 16 lat na misji w RPA u Zulusów. Żyjąc wraz z nimi, miał okazję obserwować panujące wśród nich relacje i stosunki społeczne przepełnione szacunkiem i czcią dla autorytetu rodziców i przodków. Tam też, jako katolicki zakonnik i dyrektor szkoły, zetknął się z nieznaną dotąd w Niemczech tzw. dynamiką grupową. Kursy, w których brał udział miały ekumeniczny charakter, a trenerzy pochodzący z angloamerykańskiego obszaru kulturowego przekazywali doświadczenia ukierunkowane na praktyczne zastosowania. Zebrane podczas szkoleń doświadczenia, oparte na zasadach szacunku dla każdego z uczestników stosował Hellinger w praktyce po powrocie do Niemiec. W roku 1971 wystąpił z zakonu i poświęcił się psychoterapii. Kolejnymi decydującymi zdarzeniami był udział w kursie terapii Gestalt prowadzonym przez Ruth Cohn i szkolenie w zakresie psychoanalizy w Wiedniu. Później zetknął się z terapią krzyku, określaną również mianem początkowej Arthura Janova. Przez dziewięć miesięcy uczył się jej zasad u samego twórcy metody w Los Angeles a potem, wraz z żoną Hertą w Instytucie Terapii Pierwotnej w Denver w Kolorado. Następnym etapem było powołanie do życia prywatnej praktyki, gdzie wraz z żoną pracował metodą Janova.

W tym samym czasie Hellinger odbył także kurs Gestalt z Hiparion Petzold, podczas którego zetknął się z analizą transakcyjną, której zasady stosował później w swej praktyce terapeutycznej. W ramach pracy nad skryptami odkrył jednak, że wbrew temu, co sądzili na ten temat inni terapeuci skrypty, które w sobie nosimy, nie są jedynie bezpośrednimi przekazami od innych osób. Doszedł do wniosku, że niezależnie od tego, co zostaje nam przekazane bezpośrednio, w systemie działa także wszystko to, co miało w nim miejsce czasem dużo wcześniej i niekoniecznie musi to być wydarzenie przeżyte przez nas osobiście. Wtedy to Bert Hellinger uzmysłowił sobie znaczenie systemów wielopokoleniowych i od tej pory przeprowadzał już jedynie systemową analizę skryptów, aby w dalszym rozwoju swej metody traktować ją jedynie jako uzupełnienie. Dalsza droga rozwoju to praca nad terapią rodzinną Ruth Mc Clendon i Leslie Kadies i odkrycie porządku pochodzenia, a także programowanie neurolingwistyczne i pewne elementy terapii prowokatywnej Franka Farelly`ego.

Wszystkie te nurty stanowiły dla Berta Hellingera swoistą inspirację, ale wypracował on własną, pod wieloma względami rewolucyjną metodę, zwaną „terapią ustawień rodzin”, lub „ultrakrótką terapią rodzin”. Rewolucyjna jest technika pracy stosowana przez Berta Hellingera. Polega ona niejednokrotnie na jedynie jednorazowym udziale pacjenta w terapii. Takie spotkanie odbywa się podczas prowadzonego przez niego seminarium, w trakcie którego pracuje on z kilkunastoma czy kilkudziesięcioma osobami.

Coraz większa liczba terapeutów, zarówno w Polsce jak i na całym świecie, stosuje metodę ustawienia rodzin bądź wykorzystuje jej elementy w pracy terapeutycznej. Coraz częściej wykorzystywane są one nie tylko w terapii indywidualnej, na przykład dotyczącej uzależnień, różnego rodzaju chorób, ale i wszędzie tam, gdzie rozwiązywane są konflikty w grupach społecznych – przedsiębiorstwach, szkołach czy organizacjach. Bert Hellinger prowadzi szkolenia, seminaria i warsztaty na całym świecie.